بالرغم من أن الأعراض النفسية قد لا تكون من أعراض جرثومة المعدة الواضحة، حيث أن الجرثومة تسبب أعراضاً جسدية في الغالب، إلا أن بعض الدراسات أشارت إلى احتمالية أن يكون لجرثومة المعدة تأثير على الجانب النفسي.
فوفقاً لدراسة تم القيام بها وجد أن الإصابة بجرثومة المعدة قد تؤدي إلى ظهور أعراض القلق والاكتئاب لدى بعض المرضى، مما يعني ارتباط القلق وظهور أعراضه لدى هؤلاء المرضى، وبالرغم من هذا ما زال هناك حاجة لإجراء المزيد من الأبحاث لتأكيد هذه العلاقة.
أما عن علاقة جرثومة المعدة والهلع والوسواس فلم يكن هناك إشارة إلى أن جرثومة المعدة قد تؤدي إلى ظهور مثل هذه الحالات النفسية، وعلى الأرجح أن الشعور بنوبات الهلع والوسواس هو نفسي في الأساس.
ولكن يمكن أن يكون لعلاج جرثومة المعدة بمزيج من المضادات الحيوية المتمثلة في الكلارسروميثين والأموكسيسيلين واللانزوبرازول تأثير سلبي على المرضى المصابين بمشكلة الوسواس القهري بالفعل، وذلك وفقاً لواحدة من دراسات الحالة التي تم إجراؤها على أحد الأشخاص، والتي أظهرت تفاقم الحالة بشدة عند العلاج لمدة 12 يوم باستخدام هذه المضادات الحيوية.