يكمن الفرق بين البروبيوتيك والبريبيوتيك في طبيعة كلٍ منهما، حيث أن البروبيوتيك هو تلك البكتيريا النافعة التي تتواجد في الأمعاء، والتي يستفيد منها الجسم، بينما البريبيوتيك هو المصدر الغذائي الذي تتغذى عليه هذه البكتيريا، حيث أن البريبيوتيك يمثل نوعاً من الألياف الموجودة في الطعام، والتي لا يستطيع الجسم هضمها، وبالتالي تتغذى عليها بكتيريا البروبيوتيك وغيرها من أنواع البكتيريا المفيدة للجسم.
وكلاهما يقوم بوظيفة مهمة داخل الجسم من خلال دعم وظيفة بعض أنواع البكتيريا الأخرى الموجودة في الأمعاء، وبالتالي الحفاظ على صحة القولون وأنواع البكتيريا النافعة الأخرى الموجودة به.
ويتكاتف كل منهما وتتداخل فوائدهما، فبالإضافة إلى فوائد البروبيوتيك المعروفة وتأثيرها على صحة الجهاز الهضمي والصحة النفسية وصحة الجسم بصورة عامة، يمكن أن تتمثل فوائد البريبيوتيك على الجانب الآخر في قدرتها على حل الكثير من مشاكل الجهاز الهضمي، وتخفيف آثار المضادات الحيوية التي قد تسبب مشاكل صحية.
وقد أشارات الأبحاث إلى أن البريبيوتيك قد يكون مفيداً للجسم، لأنه قادر على تحسين عملية امتصاص الكالسيوم، بالإضافة إلى قدرته على تحسين عملية امتصاص الكربوهيدرات وزيادة نمو بكتيريا الأمعاء وتحقيق التوازن بينها، ويتوافر في الكثير من الأطعمة الغنية بالألياف خاصة الخضروات والفواكه.