تُعتبر أبرز فوائد الزعتر للمعدة أنه يساعد في تحسين وتعزيز صحة الجهاز الهضمي يشكل عام، حيث يساعد الثيمول (أحد مكونات الزعتر الرئيسية) في تحفيز حركات العضلات لمنع احتجاز الطعام في المعدة لفترات طويلة. كما أن الخصائص المضادة للتشنجات الموجودة في الزعتر يمكن أن تساعد في تخفيف تقلصات الأمعاء.

كما أن بعض أنواع الزيوت الموجودة بالزعتر تساعد في تقليل الغازات والانتفاخ، وأيضاً تحسين صحة الأمعاء، وعادة ما يوصي الخبراء الأشخاص المصابين بعسر الهضم والانتفاخ بتجربة شاي الزعتر للشعور بالراحة وتقليل الإزعاج الناتج عن تلك الأعراض.